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☆PC実習で学ぶ!☆

バイオインフォマティクス基礎講座

~バイオAIビジネスの最先端に触れるセミナー~

セミナー概要

略称
バイオインフォマティクス
セミナーNo.
開催日時
2018年10月23日(火)10:30~16:30
主催
(株)R&D支援センター
問い合わせ
Tel:03-5857-4811 E-mail:info@rdsc.co.jp 問い合わせフォーム
開催場所
商工情報センター(カメリアプラザ) 9F 会議室
講師
株式会社日本バイオデータ CEO and Founder 緒方 法親 氏

《ご専門》
バイオインフォマティクス、培養細胞
《ご活動》
次世代バイオ医薬品製造技術研究組合 事業部顧問(ゲノム技術)
Chitose Bio Evolution Pte. Ltd. General Manager
国立大学法人東北大学 研究員
国立大学法人千葉大学 非常勤講師
価格
非会員: 49,980円(税込)
会員: 47,250円(税込)
学生: 10,800円(税込)
価格関連備考
会員(案内)登録していただいた場合、通常1名様申込で49,980円(税込)から
 ★1名で申込の場合、47,250円(税込)へ割引になります。
 ★2名同時申込で両名とも会員登録をしていただいた場合、計49,980円(2人目無料)です。
学校関係者価格は、企業に在籍されている研究員の方には適用されません。
■ 会員登録とは? ⇒ よくある質問
定員
30名 ※現在、お申込み可能です。満席になり次第、募集を終了させていただきます。
持参物
◎必要なPC環境 : mac OS X かつ RAMが4GB以上 のPC

※当日は講師のデモを同時進行で行いますので、PCのご持参がなくても構いません。
 誠に恐れ入りますが、弊社でのPCの貸出はございません。ご了承ください。
備考
昼食・資料付

講座の内容

習得できる知識
バイオインフォマティクスを実施するためには、コンピューターに対して文字入力のみで命令を伝える技術が必要となる。このセミナーを通じてUNIX環境を中心とした計算機実験の実態の包括的な理解を目指す。これを理解することで、AIを使った解析手法や、ディープラーニングを活用することができるようになる。
趣旨
次世代シークエンサー(NGS)が登場して10年以上が経過し、バイオのデータにインフォマティクスを組み合わせてこれまで知ることのできなかった世界を分析する方法が一般化してきた。さらにディープラーニングをはじめとするAI的手法の開発が盛んになり、バイオとAIのシナジーから大きな成果が得られるようになってきている。投資するべき分野が不明瞭な中で、バイオAIビジネスへの期待は高まっているが、ゴールドラッシュでスコップを売るのと同様に、バイオAIから得られるゴールドそのものではなく、ツールである計算機やデータストレージの販売をゴールに設定したビジネスが多い。演者らは次世代シークエンサーの登場以来、急拡大したバイオデータ解析需要に応えてきた。本セミナーでは、バイオAIビジネスの成功事例を紹介するとともに、コンピューターを使用した演習を行うことで、AIに食わせるためのデータ加工プロセスを体験する。
プログラム
 1. 生物工学研究のためのバイオインフォマティクス
  1.1 NGS以前のバイオロジーとインフォマティクス
   1.1.1 バイオロジー
   1.1.2 インフォマティクス
   1.1.3 塩基配列のバイオインフォマティクス
   1.1.4 生態学におけるバイオインフォマティクス
  1.2 NGS以降のバイオインフォマティクス
   1.2.1 次世代シークエンサー(NGS)
   1.2.2 公共データベース

 2. UNIX/Linuxの取り扱い
  2.1 ターミナル
   2.1.1 ターミナルとは
   2.1.2 ターミナルを開く
  2.2 ディレクトリの操作
   2.2.1 現状の確認
   2.2.2 内容物リスト
   2.2.3 移動
   2.2.4 ディレクトリをつくる
  2.3 ファイルの操作
   2.3.1 ファイルの除去
   2.3.2 ファイルの作成
   2.3.3 閲覧
   2.3.4 ファイルの結合
   2.3.5 文字列の編集

 3. 配列類似性の検索
  3.1 ショートリードのマッピング
   3.1.1 デモデータの準備
   3.1.2 高速配列類似性検索
   3.1.3 検索結果の閲覧
  3.2 ショートリードのアセンブル
   3.2.1 アセンブル
  3.3 ロングリードの解析
   3.3.1 解析ディレクトリの準備
   3.3.2 データベースの準備
   3.3.3 クエリーの準備
   3.3.4 配列類似性検索
   3.3.5 検索結果を閲覧

 4. 集計
  4.1 塩基毎の集計
   4.1.1 pileup
   4.1.2 変異・多型の集計
   4.1.3 カバレッジの集計
  4.2 特定領域の集計
   4.2.1 マップされたリードの取り出し
   4.2.2 マップされたリードの集計

 5. 統計処理
  5.1 正規化
   5.1.1 正規化基準の選定
   5.1.2 RPM/RPKM/FPKM
   5.1.3 TMM正規化
   5.1.4 標準物質の利用
  5.2 検定
   5.2.1 R
   5.2.2 検定の前提
   5.2.3 カウント数の検定
  5.3 分類
   5.3.1 ハッシュ
   5.3.2 主成分分析
   5.3.3 ツリーネットワーク

 ◎必要なPC環境 : mac OS X かつ RAMが4GB以上 のPC
  当日は講師のデモを同時進行で行いますので、PCのご持参がなくても構いません。
  誠に恐れ入りますが、弊社でのPCの貸出はございません。ご了承ください。
 
 【質疑応答・名刺交換】
キーワード
バイオインフォマティクス、NGS、UNIX/Linux、AI

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