0 マイクロバイオームとは何か
1 マイクロバイオーム研究の前提となるゲノム科学概論
1.1 ゲノム解析とバイオインフォマティクス
1.1.1 ゲノム科学とは
1.1.2 バイオインフォマティクスとは
1.1.3 塩基配列の決定方法
1.2 ゲノム解析の基礎と意義
1.2.1 ゲノム配列の決定方法
1.2.2 遺伝子アノテーション
1.2.3 比較ゲノム解析
1.2.4 メタゲノム解析
2 マイクロバイオーム研究のためのバイオインフォマティクス入門
2.1 分子進化学入門
2.1.1 分子進化学とは
2.1.2 なぜ分子進化学を理解する必要があるのか
2.1.3 アミノ酸配列の分子進化解析
2.1.4 核酸配列の分子進化解析
2.2 配列解析基礎１
2.2.1 ペアワイズアラインメント
2.2.2 相同性検索
2.2.3 マルチプルアラインメント
2.3 配列解析基礎２
2.3.1 進化系統解析
2.3.2 モチーフ解析
2.3.3 確率モデルに基づく配列解析
3 マイクロバイオーム研究とデータベース
3.1 生命科学におけるデータベースの役割と種類
3.1.1 なぜデータベースなのか
3.1.2 配列データベース
3.1.3 代謝データベース
3.1.4 その他のデータベース
3.2 マイクロバイオーム研究に有用なデータベース
4 マイクロバイオーム研究における解析手法
4.1 メタゲノム解析とは
4.1.1 アンプリコンシーケンシングによるメタゲノム解析
4.1.2 ショットガンシーケンシングによるメタゲノム解析
4.1.3 MAG解析
4.1.4 メタトランスクリプトーム解析
4.2 マイクロバイオームデータからの知識発見