質量測定を基盤としたプロテオーム分析実験の原理やノウハウを解説!
データ解析の実例も織り交ぜながら分析の一連の流れを解説!
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こちらは5/16実施WEBセミナーのアーカイブ(録画)配信です。配信期間中何度でも視聴できます
0. プロテオミクスを始めよう(序論として)
0.1. 「プロテオーム」「プロテオミクス」とは?
0.2. プロテオミクスでわかること、わからないこと
0.3. プロテオミクスの歴史
0.4. 分析の様子(写真と動画)
1. 質量分析を基盤としたプロテオミクス
1.1. 質量分析の威力
1.2. ペプチド断片を測る
1.3. 液体クロマトグラフィーとタンデム質量分析を連結した測定系 (LC-MS/MS)
1.4. 試料調製における注意点
1.5. 標識法と非標識法
1.6. 翻訳後修飾の分析: リン酸化とNグリコシル化を中心に
2. プロテオミクスで使われている質量分析計
2.1. 質量分析部のいろいろ: イオントラップ、三連四重極、qTOF、他
2.2. 測定データの取得方法: DDA、DIA、選択イオンモニタリング
2.3. 測定データ取得の高速化と高深度化: プロテオームの「ビッグデータ」
3. プロテオームデータの処理と解析
3.1. 一般的な処理手順: 同定情報と計量情報の統合
3.2. ペプチド/タンパク質の同定
・アミノ酸配列データベース検索の原理
・偽陽性ヒットの検証: Target-Decoy検索とFalse discovery rate (FDR)
・複数のタンパク質におけるペプチド同定情報の共有
3.3. タンパク質組成の試料間計量比較
・計量値の正規化
・比較計量値の散布図: MAプロットとボルケーノプロット
4. おもな情報解析の手法
4.1. 膜結合タンパク質の予測
4.2. Gene ontology (GO) の活用: 尤度解析
4.3. クラスター解析(階層クラスタリング)
4.4. 主成分分析
4.5. ウェブ上の情報解析ツール
5. 分析実験と情報解析の実例(リン酸化プロテオミクス)
6. プロテオームの分析計画から論文投稿まで
6.1. 計画策定に当たっての注意点
6.2. 選択肢としての分析の外注
6.3. 公共リポジトリへのプロテオームデータの登録
※上記のプログラム項目と内容は一部変更する場合があります。あらかじめご了承いただけると幸いです。